El origen del Istmo de Panamá fue un proceso gradual que comenzó hace 13 millones de años y que probablemente se terminó hace 4 millones de años, cuando la sutura entre las dos Américas, norte y sur.

La explicación geológica es que la placa tectónica del Caribe, al avanzar hacia el este, creó el istmo de Panamá y juntó las dos Américas.

El cierre tuvo una inmediata repercusión oceánica y modificó probablemente el clima del Atlántico Norte al desviar hacia allí todo el caudal de la corriente ecuatorial, reforzando la Corriente del Golfo.